• chromat : generalmaker.cpp
• dnastr : generalmaker.cpp
• dnp : generalmaker.cpp
• findMatesAlgo : findmatesalgomaker.cpp
• findMatesPopsup : findmatesalgomaker.cpp
• findTaginfoAlgo : findtaginfoalgomaker.cpp
• findTaginfoPopsup : findtaginfoalgomaker.cpp
• implement : substringdata.h
• MAX_CHUNK_LENGTH : ChunkedXMLInputSource.cc
• moveAlgo : movealgomaker.cpp
• movePopsup : movealgomaker.cpp
• optimAlgo : optimizelayoutalgomaker.cc
• optimPopsup : optimizelayoutalgomaker.cc
• quality : generalmaker.cpp
• readData : generalmaker.cpp
• readMetaData : generalmaker.cpp
• strandPopsup : strandsalgomaker.cc
• strandsAlgo : strandsalgomaker.cc
• tagData : generalmaker.cpp

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