Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- a -

• associate_func_t : trdb.h

- b -

• base_t : mal_readonly.h
• bt_compare_func_t : trdb.h

- c -

• chromat : generalmaker.cpp
• clear_args : cmdline.c
• cmdline_parser() : cmdline.c , cmdline.h
• cmdline_parser_print_help() : cmdline.h , cmdline.c
• cmdline_parser_print_version() : cmdline.c , cmdline.h

- d -

• dnastr : generalmaker.cpp
• dnp : generalmaker.cpp
• dnp_type() : dnp_types.h

- f -

• findMatesAlgo : findmatesalgomaker.cpp
• findMatesPopsup : findmatesalgomaker.cpp
• findTaginfoAlgo : findtaginfoalgomaker.cpp
• findTaginfoPopsup : findtaginfoalgomaker.cpp

- g -

• gengetopt_strdup() : cmdline.c

- h -

• hookBeforeCreate() : substringdata.h

- i -

• implement : substringdata.h

- m -

• main() : main.cpp
• MAX_CHUNK_LENGTH : ChunkedXMLInputSource.cc
• moveAlgo : movealgomaker.cpp
• movePopsup : movealgomaker.cpp

- o -

• operator<<() : trappervector.h
• operator>>() : trappervector.h
• optimAlgo : optimizelayoutalgomaker.cc
• optimize_layout() : optimizelayout.h , optimizelayout.cc
• optimPopsup : optimizelayoutalgomaker.cc

- p -

• PACKAGE : cmdline.h

- q -

• qual_t : mal_readonly.h
• quality : generalmaker.cpp

- r -

• readData : generalmaker.cpp
• readMetaData : generalmaker.cpp

- s -

• SecItDict : viewmode.h
• setFromDbt() : generaldata.cpp
• strandPopsup : strandsalgomaker.cc
• strandsAlgo : strandsalgomaker.cc
• strdup : cmdline.c

- t -

• tagData : generalmaker.cpp
• TR_DNA : trappertypes.h
• TR_PIX : trappertypes.h
• TrDbMap : trapperdoc.h

- v -

• VERSION : cmdline.h

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